位置1的腺苷甲基化引起碱基功能的剧烈变化。1-甲基腺苷(pKa 8.25)是一个比腺苷(pKa 3.5)强得多的碱基。N-1甲基化排除了腺嘌呤碱基参与经典的沃森-克里克碱基配对，并提供了一个正电荷的核碱基。这种改性还改变了碱的疏水性、堆积性、水分子的有序性和螯合性。碱基可能参与非规范的氢键、静电相互作用，一般而言，碱基可能有助于 tRNA 的构象动力学。